能够将聚核苷酸链的磷酸二酯键切断的酶，称为核酸酶。核酸酶属于水解酶，作用于磷酸二酯键的P-O 位置。

核酸酶是在核酸分解的第一步中，作用于水解核苷酸之间的磷酸二酯键的一种核酸。在高等动植物中都有作用于磷酸二酯键的。

不同来源的核酸酶，其专一性、作用方式都有所不同。有些核酸酶只能作用于RNA，称为核糖核酸酶(RNase)，有些核酸酶只能作用于DNA，称为脱氧核糖核酸酶(DNase)，有些核酸酶专一性较低，既能作用于RNA也能作用于DNA，因此统称为核酸酶(nuclease)。根据核酸酶作用的位置不同，又可将核酸酶分为核酸外切酶(exonuclease)和核酸内切酶(endonuclease)。

分类介绍

核酸外切酶

有些核酸酶能从DNA或RNA链的一端逐个水解下单核苷酸，所以称为核酸外切酶。只作用于DNA的核酸外切酶称为脱氧核糖核酸外切酶，只作用于RNA的核酸外切酶称为核糖核酸外切酶;也有一些核酸外切酶可以作用于DNA或RNA。核酸外切酶从3′端开始逐个水解核苷酸，称为3′→5′外切酶，例如，蛇毒磷酸二酯酶即是一种3′→5′外切酶，水解产物为5′核苷酸;核酸外切酶从5′端开始逐个水解核苷酸，称为5′→3′外切酶，例如:牛脾磷酸二酯酶即是一种5′→3′外切酶，水解产物为3′核苷酸。

核酸内切酶

核酸内切酶催化水解多核苷酸内部的磷酸二酯键。有些核酸内切酶仅水解5′磷酸二酯键，把磷酸基团留在3′位置上，称为5′-内切酶;而有些仅水解3′-磷酸二酯键，把磷酸基团留在5′位置上，称为3′-内切酶。还有一些核酸内切酶对磷酸酯键一侧的碱基有专一要求，例如胰脏核糖核酸酶(RNaseA)即是一种高度专一性核酸内切酶，它作用于由嘧啶核苷酸C'3处的羟基与下一个核苷酸C5'处的磷酸形成的3'，5'-磷酸二脂键，产物为以3′嘧啶核苷酸结尾的低聚核苷酸和以5'核苷酸开头的低聚核苷酸。